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Notre laboratoire de biologie moléculaire implanté au sein de groupe CARSO propose un service de séquençage nouvelle génération (NGS) dans les domaines de l’environnement, l’agroalimentaire, et l’industrie pharmaceutique.

Le séquençage nouvelle génération (NGS), également connu sous le nom de séquençage à haut débit, est une méthode qui permet le séquençage rapide de milliers à des millions de molécules d’ADN ou d’ARN simultanément. Cette méthode consiste  à déterminer l’ordre unique et spécifique des nucléotides dans un fragment d’ADN donné et sur n’importe quel organisme.

Notre service vous propose de vous accompagner dans vos projets de séquençage dans les domaines suivants:

1. Le barcoding et le métabarcoding : séquençage d’un ou plusieurs gènes particuliers appelés barcodes commun à un ou plusieurs familles d’organismes présents dans un même écosystème (par exemple la région V3 de gène codant pour l’ARNr 16S pour le séquençage des bactéries).

Cette approche peut être utilisée pour diverses applications :

Agroalimentaire:

  • Authentification des ingrédients utilisés lors de la préparation des variétés d’épices (basilic, safran, etc).
  • Identification des espèces de poissons utilisés dans des plats cuisinées.
  • Identification de la composition florale du miel.
  • Identification de l’origine et la qualité des variétés d’huiles d’olive.

Environnement:

  • Evaluation de l’état écologique des cours d’eau, qui repose sur le calcul d’indices de qualité (IPS et IBD) utilisant la sensibilité à la pollution de groupes biologiques ciblés, dont les diatomées.
  • Identification des microorganismes (bactéries, champignons,…) présents dans un écosystème (sol, biofilm,…).
  • Identification des espèces de poissons, mollusques et crustacés présentes dans les milieux aquatiques.

Pharmaceutique:

  • Authentification et traçabilité de certaines plantes médicinales (Aloe, Neem, Gingembre…).

 2. Transcriptome et Métatranscriptome:

Le transcriptome est l’ensemble des ARNs issus de la transcription d’un génome défini. Sa caractérisation et sa quantification dans un tissu donné permettent d’identifier les gènes actifs et leur niveau d’expression.

Le métatranscriptomique, est la quantification de tous les gènes exprimés dans un écosystème dans le but d’identifier les espèces présentes dans un échantillon et de connaitre leur rôle dans cet environnement.

Notre plateforme de séquençage est équipé de:

  • Ion Chef instrument (préparation des librairies)
  • Ion GeneStudio S5 (Séquençage)

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